在了解二冲程柴油机的工作原理之前，我们先来看看它的结构特点。
1．二冲程柴油机结构的特点
1）进气孔布置在气缸下部，其高度约为活塞行程的10％-20％左右。进气孔的打开和关闭，由气缸内运动的活塞来控制。
2）排气门布置在气缸盖上，由凸轮轴驱动，保证在曲轴转一转时，气门打开一次。
3）扫气泵，由柴油机通过传动齿轮传动，它将吸人的空气压缩至Pk=0.123-0.13MPa，送人气缸周围的储气室中，用于清除气缸内的废气和充填新鲜空气。
2．二冲程柴油机工作原理
1）、第一行程(进气、压缩)：
活塞由下止点向上止点运动，进气口、排气口由关闭到进气口打开，再到进摊气口
全部关闭(完成气缸内气体由进气到压缩二个冲程)，曲轴旋转180°；
进气线路：空气由进气口→曲轴箱→换气口→气缸内（经过气缸壁上孔）
排气线路：排气口→排气管→大气
气缸内压力：2.9Mpa~3Mpa，气缸内温度：600℃~700℃
燃油在第一行程快终了时进入气缸(喷油嘴的压力：16.6Mpa-19.6Mpa)
2）、第二行程（膨胀、排气）：
活塞由上止点向下止点运动，进排气口由全部关闭到排气口打开，完成膨胀撵气两个冲程，曲轴旋转180°
特点：
1）第一、二冲程曲轴旋转360°完成一个工作冲程；
2）设有进排气门，只有进气口、排气口、换气口：
3）实际功率为四冲程的1.5~1.6倍（因为消耗的无用功少）；
4）动作周期短，运转平稳；
5）结构简单、重量轻、制造维修方便。
缺点：经济性差（在换气时有一部分可燃气体排除缸外）；
结论：二冲程柴油发动机曲轴旋转360。完成一个工作冲程。
二冲程原理在大型低速船用柴油机应用广泛。主要原因是船用柴油机的转速较低，二冲程循环既有利于柴油机发挥最大的动力性能和经济性能，又不至于导致热负荷太高而降低零部件的使用寿命，从而整体提高了船用柴油机的实用性和可靠性。